市目前有北海港客运站、海运总公司客运站两个海运客运站。

    北海港客运站隶属于北海港务局，始建于１９９８年，现在已建成为海上客运、市内客运、住宿、餐饮、购物等为一体的综合性服务实体。客运站候船大厅面积 250平方米，座位１５０个 , 售票窗口４个。该客滚码头可同时停泊客滚船3艘，年吞吐能力为35万人。目前开辟有北海至海口航线，投入客船及客滚船共５艘，港务客运站于１９９８年被评为广西水路客运文明站。

    海运总公司客运站隶属于北海海运总公司，开通了海南客轮航线外，还经营北海至涠洲客运线，两航线共投入客船和客滚船５艘。客运站侯船厅面积１２０平方米，拥有座位１３０个，售票窗口２个。该站客滚码头可同时停泊客滚船４艘，年旅客吞吐量达２５万人。